توجد في مؤسسة الامام الخميني الفروع العلمية التالية:

اقيمت لحد الآن أربع دورات في هذا الفرع و شارك فيها (57) طالبا، تخرج منهم (40) طالبا، و تشرف الدورة الخامسة على الانتهاء، كما ان هناك ثلاث دورات لم تتخرج بعد. يمنح خريجوا هذه الدورة شهادة ليسانس. وقد قدمت لحد الآن 20 رسالة جامعية في مواضيع مختلفة في مجال العلوم القرآنية وفي مرحلة الماجستير.

اقيمت لحد الآن أربع دورات في هذا الفرع، لازالت الرابعة فيها مستمرة وقدمت لحد الآن 15 رسالة جامعية في مواضيع فلسفية مختلفة. وهناك ثلاث دوات في مرحلة الليسانس لازالت مستمرة.

اقيمت حتى الآن ثلاث دورات في هذا الفرع، تخرج منها 25 طالبا، وفي السنة الدراسية الحالية توجد دورة لطلاب مرحلة الماجستير و اخرى لطلاب مرحلة الليسانس.

اقيمت في هذا الفرع دورة واحدة تخرج منها 12 طالبا، و هناك دورتان يواصل الطلاب فيها دراستهم في مرحلة الليسانس.

اقيمت في هذا الفرع دورتان شارك فيها 24 طالباً انتهوا من اعداد و مناقشة رسائلهم الجامعية، ولازال طلاب الدورة الثانية مشغولين باعداد رسائلهم الجامعية.

اقيمت في هذا الفرع دورتان تخرج من الاولى 12 طالبا، ولازال طلاب الدورة الثانية يواصلون دراستهم، و قد تم لحد الآن اعداد 9 رسائل جامعية في هذا الفرع، و هناك دورتان يواصل الطلاب فيها دراستهم في مرحله الليسانس.

اقيمت دورتان في هذا الفرع، تخرج من الدورة  الاولى 11 طالبا، و لازال طلاب الدورة الثانية مشغولين باعداد الرسائل الجامعية، و قد تم لحد الآن اعداد 8 رسائل جامعية في هذا الفرع و بعد الانتهاء من الدورتين يبدأ الطلاب دراستهم في مرحلة الليسانس.

اقيمت دورتان في علم النفس احداهما لازالت مستمرة، فيما قدم 13 طالبا من طلاب الدورة الثانية رسائلهم الجامعية وتمت مناقشتها.

اقيمت لحد الان ثلاث دورات في علم الاقتصاد، وقد انهى طلاب هذه الدورات دراستهم و تخرجوا من المؤسسة، وهناك دورة في مرحلة الليسانس لازالت مستمرة.

اقيمت دورتان في علم الادارة بلغ عدد طلاب احداهما 15 طالبا وقد اتموا دراستهم و تخرجوا، و قد دونت لحد الان 13 رسالة جامعية في هذا الفرع، وهناك دورة في مرحلة الليسانس لازالت مستمرة.

اقيمت في هذا الفرع دورتان انتهت واحدة و لازالت الثانية مستمرة.

اقيمت في هذا الفرع دورتان لازال الطلاب يواصلون دراستهم في مرحلة الليسانس.